Dalam rangka meningkatkan potensi dan bakat para siswa di bidang non akademik, maka madrasah menyelenggarakan program unggulan sebagai berikut:

Tahsin Al Quran

Program ini merupakan program unggulan yang ditujuan untuk peserta didik kelas VII, bertujuan untuk memperbagus dan memperlancar bacaan Al-Quran.

Qiroatul Kutub

Program pendalaman kitab kuning ini akan dilaksanakan ketika peserta didik berada di kelas VIII dan kelas IX Semester ganjil, bertujuan untuk menyiapkan peserta didik mampu memahami kitab-kitab  pesantren.

Kelas Peminatan

Program unggulan MTs Shirothul Fuqoha’ yang bertujuan menjaring minat akademik siswa kemudian diberikan bimbingan dan pendampingan oleh para tenaga pendidik yang professional di bidangnya. Tujuan diselenggarakan kelas peminatan akademik juga untuk menyiapkan siswa/i yang mampu dan siap mengikuti ajang perlombaan. Kelas program ini terdiri dari:

• Kelas Bahasa Arab
• Kelas Bahasa Indonesia
• Kelas Bahasa Inggris
• Kelas Olimpiade Matematika
• Kelas Olimpiade IPA
• Kelas Olimpiade IPS
• Kelas Riset
• Tahfidz